У людей, больных гипотиреозом кожа обычно сухая, покрыта чешуйками, желтоватая, холодная на ощупь, трудно собирается в складку, при значительной микседеме на отечной коже не остается ямки после нажатия пальцем. Выражен гиперкератоз, особенно на локтях, коленях и стопах.

Лицо одутловатое, бледно-желтое, иногда с румянцем на щеках, выражен отек вокруг глаз. Волосы на голове тусклые, ломкие, в случаях аутоиммунного тиреоидита (АИТ) может проявляться локальная алопеция. Выпадают волосы на наружных краях бровей, редкие или вообще отсутствует волосы подмышками и на лобке.

Гипотиреоз в ряде случаев может быть составной аутоиммунных полигландулярных синдромов, когда одновременно повреждаются несколько эндокринных желез, как правило, с их гипофункцией. Наиболее распространенным является синдром аутоиммунной полиэндокринопатии типа 2. Ему присущ первичный гипокортицизм, гипотиреоз (возможен тиреотоксикоз), сахарный диабет (СД) типа 1, гипогонадизм,  миастения, преэклампсия, стеаторея.

С этими эндокринными поражениями часто сочетаются витилиго, алопеция, пернициозная анемия. Довольно частым проявлением указанного синдрома является сочетание гипокортицизма и гипотиреоза (синдром Шмидта). В клинике синдрома сочетаются проявления хронической недостаточности надпочечников и тиреоидной недостаточности. Часто этот синдром сопровождается атрофией зрительных нервов, тромбоцитопенической пурпурой, склеродермией, гипертонусом матки, несахарным диабетом, опухолями гипофиза.

Заболевание возникает у подавляющего большинства после 30 лет, начинается с клинических проявлений хронической надпочечниковой недостаточности, затем, примерно с интервалом в 7 лет, присоединяются проявления повреждений других эндокринных желез. Хотя это не является обязательным, признаки объединенных патологий могут возникать в срок до 20 лет.

На сегодня признается, что аутоиммунные эндокринопатии являются комплексными заболеваниями, формирование которых обусловлено взаимодействием трех основных факторов: генетической наследственности, состояния иммунной системы и окружающей среды. Весомым фактором аутоиммунной патологии является наследственность.

Начало аутоиммунного процесса у генетически предрасположенных лиц инициируют вирусные, бактериальные инфекции, лекарственные вещества, продукты питания, ионизирующее излучение, гормоны, стресс, беременность, старение.